Amenophis IV. wurde gekrönt unter dem Thronnamen "Nefer-cheperu-Re, Wa-en-Re", bedeutet "Mit vollkommenen Gestalten, ein Re; Einziger des Re", Beiname "der von der Maat lebt", somit Bezug auf den Gott Re und die Göttin Maat), und bestieg in dem Alter von sechzehn Jahren den Thron Ägyptens. Er vermochte den Amun - Klerus sowie das politische, wirtschaftliche und kulturelle Leben Ägyptens nicht mehr zu regieren und beschloss nach 6 Jahren Herrschaft die Einführung eines neuen Gottes. Dieser neue Gott hieß Aton, ein alleiniger Gott, die Personifizierung der Sonnenscheibe als Quelle allen Lebens. In dem Felsengrab des früheren Beamten und späteren Pharao Eje sowie in anderen Gräbern der Epoche wurde Echnatons Sonnengesang gefunden. Amenophis IV. nannte sich seitdem Echnaton ("Aton ist zufrieden"). Er verbot den Kult der ehemaligen Götter und verließ die Hauptstadt Theben, um eine neue Stadt für die Anwesenheit Gottes zu gründen. Diesen Ort fand er in Mittelägypten und in dem Jahr 5 seiner Herrschaft gründete er die Stadt von Achet-Aton (der Horizont von Aton), dem heutigen Amarna.

Der gesamte ägyptische Hof und die Verwaltung zogen in die neue Hauptstadt mit den dem einzigen Gott Aton gewidmeten Tempeln, die unter offenem Himmel gebaut wurden, damit seine wohltuenden Strahlen dort eindringen konnten. Die Paläste, Tempel und Gärten vereinten sich zu einem mythischen Ort zur Feier der lebenspendenden Kraft der Sonne und der ständigen Erneuerung der Natur. Aton bekam die schönsten Gärten, die es in dem Alten Ägypten je gegeben hat, hieß es doch in der großen Aton-Hymne:

Alles Vieh befriedigt sich an seinen Kräutern,

Bäume und Pflanzen wachsen.

Die Vögel fliegen aus ihren Nestern,

(...) Alles Wild tanzt auf seinen Füßen,

alles, was auffliegt und sich niederläßt,

sie leben, wenn du für sie aufgehst.

Jeder Weg ist geöffnet durch dein Erscheinen.

Die Fische in dem Fluss

hüpfen vor deinem Angesicht;

Deine Strahlen sind in dem Inneren des Ozeans.

Die Herrschaft von Echnaton und seiner Frau Nofretete ("das Schöne ist gekommen"), war völlig der Liebe gewidmet, der Kunst und der Spiritualität. Es scheint sogar, dass er mehr oder weniger den hohen Beamten die Zügel der Macht gelassen hat, um sich seinem neuen Kult zu widmen. Echnaton und Nofretete waren die alleinigen Priester des Aton-Kultes. Sie benötigen keine Vermittler zwischen dem Gott und seinen Gläubigen; der Kult von Aton hatte keinen Klerus.

Andererseits - weit entfernt vom Bild dieser idyllischen Gemeinschaft - wird die Herrschaft von Echnaton auch als die schwarze Periode in der Geschichte Altägyptens beurteilt. Demnach habe die religiöse Revolution von Echnaton eine starke Unterdrückung des Amon-Klerus bewirkt (Tempelschließung, Verfolgung, Beschlagnahme der Güter, Verwahrlosung der Bildnisse der alten Götter). Dieses trug ihm den Beinamen "Ketzerpharao" ein. Außerdem habe er durch die Ablehnung militärischer Hilfe für die von den Hethitern bedrohten ägyptischen Verbündeten den Verlust mehrerer ägyptischer Protektorate in dem Norden bewirkt. Es scheint auch, dass Ägypten wegen der übermäßigen Zentralisierung zu dieser Zeit einen plötzlichen wirtschaftlichen Rückgang erlitt.

Amarna-Briefe , nach James H. Breasted

Im Jahr 1885 wurden durch einen glücklichen Zufall in den Ruinen der Stadt Achet-Aton etwa 300 Schriftafeln gefunden: die außenpolitische Korrespondenz Echnatons und seiner Nachfolger, verfasst in der in diplomatischen Kreisen üblichen babylonischen Keilschrift.

Diese sogenannten Amarna-Briefe spiegeln die politische Situation Ägyptens wieder, beeinflusst durch das starke Reich der Hethiter, welches sich noch zur Zeit des Amenhotep III. nördlich der asiatischen Einflusszone Ägyptens gebildet hatte.

Suppiluliuma , der König der Hethiter, begrüßte Echnaton noch zu seiner Thronbesteigung, und auch zur Einweihung der neuen Hauptstadt Achet-Aton erschien eine hethitische Delegation mit Geschenken. Aber bereits kurze Zeit später fragte der Hethiterkönig an, warum man seine Briefe nicht beantworte. Grund der aufgetretenen Spannungen war wohl der Abfall einiger syrischer Vasallen von Ägypten und Hinwendung zu dem Einflussbereich der Hethiter.

Abdi-aschirta und sein Sohn und Nachfolger Aziru herrschten zu dieser Zeit am oberen Orontes über das Reich der Amoriter . Sie und der syrische Fürst Itakama von Kadesch waren wohl die Ersten, die die Fronten wechselten und sich von den Ägyptern abwendeten.

Bis auf die Städte Simyra und Byblos eroberte Aziru alle nordsyrischen und phönizischen Küstenstädte. Zusammen mit den Hethitern eroberte er Nij und drang gegen die Stadt Tunip vor. Der Hilferuf der Stadtältesten an den Pharao ist erhalten: „Wer hätte früher Tunip plündern können, ohne dass Manachpirija (Men-chepru-Rê) ihm zur Strafe geplündert hätte? ...und wenn Aziru in Simyra eindringt, so wird er uns tun, was ihm gefllt auf dem Gebiete unseres Herrn, des Königs, und trotz alledem hält unser Herr sich von uns zurück. Und nun weint Deine Stadt Tunip und ihre Tränen fliessen, und es gibt keine Hilfe für uns. ...haben wir an unseren Herrn, den König von Ägypten, Boten gesandt, aber keine Antwort ist uns gekommen, nicht ein einziges Wort.“

Auch Rib-Addi aus Byblos bat wiederholt Echnaton um Hilfe gegen die Truppen Azirus bei dessen Angriff auf Simyra, vergeblich.

Simyra wurde zerstört, der ägyptische Gesandte erschlagen. Mehr als 60 Schreiben des Rib-Addi mit der Bitte um Hilfe sind in Amarna gefunden worden. Wie die Geschichte zeigt, waren sie vergeblich. Echnatons Interessen lagen wohl nicht auf politischem Gebiet.

Auch in Palästina regte sich der Widerstand unter den Chabiri, die Meggido, Askalon und Gezer bedrohen und endlich auch unter ihre Kontrolle bringen. Die Hilferufe aus dieser Region führten auch ca. zu halbherzigen und erfolglosen Maßnamen durch den Herrscher in Achet-Aton. So gingen auch diese Gebiete dem Reich verloren.

Vor diesem Hintergrund hat ein junger Offizier mit Namen Haremhab den Grundstein gelegt für eine steile Karriere.

Während der Herrschaft von Echnaton erblühte die Amarnakunst, die sich einerseits durch die Entwicklung der naturalistischen Kunst auszeichnet, wo Pflanzen, Blumen und Vögel wimmeln, und andererseits durch eine überaus realistische Darstellung der Persönlichkeiten, die ab und zu sogar bis zur Karikatur übertreibt. (Die traditionelle Kunst war eher idealisierend.) Bis heute berühmt sind die Fußböden von Amarna mit ihrer Fülle an Blumen- und Tierdekors. Man spricht Echnaton auch dichterisches Talent zu (siehe Sonnengesang).

Als der Aton-Kult mit dem Tod Echnatons (dem 18. Jahr seiner Herrschaft) erlosch, taten seine Nachfolger vielmehr alles, um die Spuren des häretischen Pharaos auszulöschen, so dass man sehr wenige Kenntnisse über diese Periode hat.
Auch wenn nach Echnaton eine Rückkehr zu Gott Amun erfolgt ist, so wird doch vieles übernommen. Amun muss in der nach-Amarna-Zeit seine Stellung mit Re und Ptah teilen. Die Sonnenscheibe nimmt in der 19. und 20. Dynastie eine hervorgehobene Stellung ein. Künftige Königsgräber sind ohne Knickachse angelegt und gerade, damit die Sonnenstrahlen direkt einfallen können. Das Neuägyptische bleibt Schriftsprache und in der Kunst haben sich Elemente des Amarna-Stils behaupten können.

Man kennt zu dem Beispiel weder die Todesursachen Echnatons (Krankheit? Attentat? Selbstmord?) noch die genaue Verwandtschaftsverbindung zwischen ihm und seinem bekanntesten Nachfolger (Sohn? Schwiegersohn?), der junge Tutanchamun (der während der Herrschaft Echnatons Tutanchaton hieß).

Diese kurze monotheistische Periode hat die Grundlagen der ägyptischen Religion nicht erschüttert, und selbst wenn das Volk sich offenkundig Aton zugewandt hätte, scheint es, dass es nie aufhörte, die alten Götter zu verehren. Die alte Priesterschaft Thebens hat offenbar zeitgleich in gewisser Macht und Umfang weiter bestanden. Selbst wenn man häufig Echnaton diese Kulturrevolution und religiöse Reformation zuspricht, scheint es doch, dass er sich ca. eine Tendenz aufdrängen ließ, die bereits während der Herrschaft seines Vaters Amenophis III. entstanden war.

Echnatons Ende ist unklar. In dem 17. Jahr scheint er gestorben zu sein und wird wohl zunächst in der neuen Königsgruft von Amarna bestattet. Eine Behandlung des Grabes brachte Fragmente des Sarkophages und einige Hinweise auf die Grabausstattung zu Tage. Reeves sieht in WV 25 in dem Tal der Könige/Westtal ein früh begonnenes, unvollendetes Grab für Echnaton.

Weitere Teile seiner Grabausstattung wurden in KV 55 in dem Tal der Könige gefunden, so u.a. sein Sarg, der nun restauriert und identifiziert ist. Der in dem Sarg aufgefundene Tote gibt allerdings Rätsel auf: dieser Tote starb in dem Alter von höchstens 20 Jahren und wird daher meist für Semenchkare gehalten.

Manche vermuten, dass Echnaton ein körperliches Leiden, sogar eine Körperbehinderung gehabt habe. Man stellte ihn dar mit einem gewaltigen, auffällig verlängerten Kopf, wulstigen Lippen und einem vorspringenden Bauch. Aber es ist schwer zu unterscheiden, was Karikatur (deutlich am Stil der Amarnakunst) und was Wirklichkeit ist. Man vermutet auch, er könne an Epilepsie gelitten haben, die bei ihm lange halluzinatorische und schmerzhafte Krisen verursacht hätte. (was die möglichen Todesursachen erweitert auf die einer langen Krankheit).

Neuere computertomographische Behandlungen an den Mumien der Mitglieder des damaligen Herrschergeschlechts weisen auf eine auch heute noch bekannte genetische Störung des Schädel-Wachstums hin. Die Knochen-Nähte wachsen nicht und beengen so das Gehirn der Person. Das Ergebnis ist ein typisch nach hinten wachsender Schädel der in dem inneren rauh und eher furchig ist. Nachdem sowohl Echnaton wie auch Nofretete entsprechend abgebildet wurden schließt die Forschung dass beide eng verwandt waren, möglicherweise sogar Geschwister waren. Zusätzlich legen die Darstellungen nahe, dass Echnaton der Frau an seiner Seite ganz untypisch für die Aera quasi Gleichrangigkeit eingeräumt hat.

Eigentlich existierte der Gott Aton lange vor der Herrschaft Echnatons, aber er hat so sehr an der Veränderung seines Kultes gearbeitet, dass man ihn als einen neuen Gott betrachten kann.

Es gibt Theorien, die den biblischen Moses (der ja bekanntlich in Ägypten geboren wurde) und sein Gottesbild in direkte Beziehung zu Echnaton setzen, und den agyptischen Aton-Glauben in den jüdischen Adon-Glauben des biblischen Pentateuch mit großer Detailtreue abgebildet sehen. Es existiert sogar die These, dass Echnaton eine personelle Einheit mit Moses bildet und dies in mehrfachen Entsprechungen sogar problemlos gelingt (siehe http://www.politikforum.de/forum/archive/13/2003/12/4/17727). Es sei angemerkt, dass die biblische Geschichtsschreibung Moses auf grob 4 Tausend v. Chr. datiert, wobei hierbei zur Vorsicht geraten wird aufgrund von möglicher nachträglicher Bearbeitung in dem Sinne der Zahlenmystik sowie aufgrund von teils inkonsitenter Zeitrechnung an sich (Mondkalender, Habljahres- oder auch Quartals-Systeme) und ständigen Wechseln der jeweiligen Masseinheit in den Schriften bzw. (teils sehr offensichtlich) falschen bzw. missverständlichen Angaben der jeweiligen Zeit-Einheit.

Unter http://homepage.ruhr-uni-bochum.de/Ingo.Koenig/Paris/echnaton.htm wird Echnaton bescheinigt dass er eine gewissen Anteil der Beamtenschaft aus Ausländern rekrutierte. Dies stützt somit die biblische Darstellung dass Moses als Israelit einen hohen Rang am Hof des Pharao bekleiden konnte bis hin zur direkten Bittstellungen vor dem Pharao.